第170回自然環境論セミナー「なぜ生命科学研究に大規模計算が必要か？？」

新規物質設計・製造の高度化・低コスト化技法、また新薬の安価・高速・安全な開発技法、および無駄な化合物の合成や動物実験などをおこなわない環境負荷の少ない開発技法開発の強い要請を背景に、分子シミュレーションへのニーズが非常に高まっている。特に生命科学の対象である生体分子は、ミクロな観点からは大きすぎ、マクロな観点からは小さすぎる。そこで計算機を用いた分子シミュレーションに大きな期待が寄せられているが、計算機を用いるとはいえ、計算機の性能が十分でないため、自ずと系をモデル化し分子シミュレーションで取り扱い可能なサイズに系のサイズの減少をしなければならない。

本講演では、タンパク質の内部温度と外部温度と薬理活性の問題をとりあげ、系のサイズの減少がどのような効果を与えるのかを示し、大規模計算を実現するにはどのような可能性があるのかを解説する。