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第212回自然環境論セミナー「酵素反応データベースの開発: 酵素蛋白質の配列解析」

開催について

日時
2009年9月1日 (火) 15:10～16:40
会場
神戸大学発達科学部 G302教室 (G棟3階)
対象
どなたでも参加できます。
参加方法
当日、直接、会場へお越しください。
参加費
無料
主催
神戸大学大学院人間発達環境学研究科人間環境学専攻 自然環境論コース
連絡先
メール: tanaka2@【続けて「kobe-u.ac.jp」を入力してください】 (田中 成典 (発達科学部 自然環境論コース))

プログラム

講師 長野 希美 博士 (産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター (CBRC))
タイトル 酵素反応データベースの開発: 酵素蛋白質の配列解析

内容

本研究では、酵素触媒機構を決定する要因を考慮し、酵素とリガンドの反応部位に特に注目し、PDB中に登録されている酵素立体構造データのリガンドのアノテーションから酵素触媒機構の系統的な分類まで行う酵素触媒機構データベース、EzCatDBを開発している [1,2]。このデータベースでは、(1) 基本反応、(2) リガンドの反応部位の構造、(3) 触媒機構の種類、(4) 酵素側の触媒残基、補酵素の種類、というように階層的に酵素触媒反応を分類している。

更に、この酵素反応データベースに登録されている酵素蛋白質の配列をシードにして、UniProtと呼ばれる蛋白質の配列データベースを解析した。その結果、生物種を超えて普遍的に存在する酵素もあれば、生物種に特異的な酵素も観られることが判明した。本セミナーでは、こうした酵素蛋白質の解析結果についても紹介する。

参考文献
  1. Nozomi N. (2005) Nucleic Acids Research, 33 Database Issue, D407-D412.
  2. Nozomi Nagano, Tamotsu Noguchi, Yutaka Akiyama (2006) PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. 66, 147-159.

Updated: 2009/08/20 (Thu) 16:35